戊二醛用于消毒、制药、鞣革，用作电子显微镜及彩色显像管的坚膜剂。该品用来生产中枢兴奋药山梗菜碱盐酸盐。戊二醛是一种速效、广谱的化学灭菌剂，在常温下低浓度的戊二醛水溶液即可对许多微生物表现出活性，对繁殖型的细菌，病毒，分枝杆菌、致病性霉菌和细菌芽孢有高度灭菌效果，且对人毒性很低，有人称本世纪初使用甲醛，30年代使用环氧乙烷等化学杀菌消毒剂，目前戊二醛是第三个里程碑。1973年世界卫生组织（WHO）推存三品作为B型肝炎病毒消毒剂。在已知醛中，戊二醛是一种最好的蛋白质交联剂，交联的特点是活性高，反应快，结合量高。